โรงเรียนบ้านชีวิทยา แบ่งโครงสร้างการบริหารงานเป็น 4 กลุ่ม ได้แก่ กลุ่มบริหารทั่วไป กลุ่มบริหารงบประมาณ กลุ่มบริหารงานบุคคล กลุ่มบริหารวิชาการ โดยการบริหารโดยใช้โรงเรียนเป็นฐานและหลักธรรมาภิบาลเป็นกรอบในการบริหารจัดการ